Bercerita perjalanan seorang manusia setengah iblis berjuluk Anung Un Rama. Dipanggil ke Planet Bumi untuk membantu pasukan Nazi memenangkan perang dunia kedua, Hellboy akhirnya diadopsi oleh Professor Broom (Ian McShane), petinggi di B.P.R.D (Buerau for Paranormal Research and Defence) dan diajarkan menjadi pelindung manusia. Ketika sedang menyelidiki hilangnya seorang agen B.P.R.D, Hellboy menyadari bahwa ada kekuatan jahat yang hendak dibangkitkan, yaitu Nimue. Sang protagonis akhirnya harus berperang dengan dirinya sendiri setelah menyadari takdir yang sudah tertulis.